La aplicación de crowdsourcing apunta a COVID-19

 el poder de cómputo de crowdsourcing puede ayudar a los investigadores del coronavirus

Los investigadores del virus COVID-19 tienen una nueva fuente de poder de cómputo distribuido: el crowdsourcing.

Al instalar el programa de software Folding @ home cualquier persona que tenga una computadora, una consola de juegos o incluso algunos teléfonos y algunos ciclos de cálculo de sobra puede contribuir al trabajo de los investigadores de coronavirus en todo el mundo. [19659003] Folding @ home es un proyecto de computación distribuida de Pande Lab [19599011] de la Universidad de Stanford en Palo Alto, California, dirigido por Vijay Pande, PhD.

Los participantes pueden configurar la aplicación Folding @ home para ejecutar en el fondo todo el tiempo o solo cuando una máquina está inactiva.

"Es como criptominería", dijo Quentin Rhoads, director de servicios profesionales en Critical Start un Plano, Te Compañía de consultoría de seguridad de red basada en xas que participa en el programa Foldiing @ home.

"Con la criptominería, estás tomando el poder de cómputo de las personas y creando criptomonedas", dijo a TechNewsWorld. "Con Fold @ home, la potencia informática de las personas proporciona datos a los investigadores".

Llamada de ayuda

Greg Bowman, profesor asistente de bioquímica y biofísica molecular en la Universidad de Washington en St. Louis, emitió una llamada de voluntarios a fines del mes pasado.

" ¡Necesitamos su ayuda! Folding @ home se está uniendo a investigadores de todo el mundo que trabajan para comprender mejor el Coronavirus 2019 (2019-nCoV) para acelerar el esfuerzo científico abierto para desarrollar nuevas terapias que salven vidas ", escribió.

" Al descargar Folding @ Home, puede donar sus recursos computacionales no utilizados al Consorcio Folding @ home, donde los investigadores trabajan para avanzar en nuestra comprensión de las estructuras de posibles objetivos de medicamentos para 2019-nCoV que podrían ayudar en el diseño de nuevas terapias ", continuó Bowman.

"Los datos que nos ayudan a generar se difundirán rápida y abiertamente como parte de una colaboración científica abierta de múltiples laboratorios de todo el mundo, brindando a los investigadores nuevas herramientas que pueden desbloquear nuevas oportunidades para el desarrollo drogas que salvan vidas ".

El llamado a la acción de Bowman fue respondido con entusiasmo.

" La respuesta ha sido enorme ", dijo a TechNewsWorld. "Conservadoramente, creo que hemos tenido un aumento de diez veces en el número de participantes en el proyecto".

Cthulhu vs. COVID-19

Una de las nuevas incorporaciones al proyecto es Critical Start.

Después de escuchar sobre el proyecto Fold @ home, la compañía decidió reutilizar su poderoso hardware "hashcracker", que Rhoads explicó que, en lugar de usar esta poderosa máquina para descifrar hashes, decidimos dedicar todo su poder a Fold @ home, así como alentar a algunos de nuestros competidores a que hagan lo mismo. ", dijo.

" Nos da a los profesionales no médicos la capacidad de retribuir a la comunidad en términos de resolver problemas como COVID-19 ", agregó Rhoads.

La contribución de Critical Start a la red del proyecto es sustancial : El hashcracker de US $ 34,000, apodado "Cthulhu" por HP El monstruo mítico de Lovecraft tiene ocho cartas Nvidia Titan V. Las tarjetas gráficas son las más potentes de Nvidia para una computadora personal, y cada una puede entregar 110 teraflops de potencia informática.

"Nos unimos al programa el domingo y ya estamos en el 3 por ciento de los contribuyentes principales", señaló Rhoads.

Según el tiempo que lleva completar las tareas, Folding @ home informa un rendimiento agregado de casi 100 petaflops generados por más de 100,000 sistemas de voluntarios.

Spiking the Virus

COVID-19 es un primo cercano al SARS, que también es un coronavirus, y actúa de manera similar, explicó Bowman de la Universidad de Washington en su llamado a voluntarios.

Para ambos coronavirus, el El primer paso de infección ocurre en los pulmones, cuando una proteína en la superficie del virus se une a una proteína receptora en una célula pulmonar. Esta proteína viral se llama "proteína espiga", y el receptor se conoce como "ACE2".

Un anticuerpo terapéutico es un tipo de proteína que puede bloquear la unión de la proteína viral a su receptor y evitar que el virus infecte el célula pulmonar.

Ya se ha desarrollado un anticuerpo terapéutico para el SARS, pero para desarrollar anticuerpos terapéuticos o moléculas pequeñas para COVID-19, los científicos necesitan una mejor comprensión de la estructura de la proteína espiga viral y cómo se une al ACE2 humano. receptor requerido para la entrada viral en las células humanas.

"Las proteínas no están estancadas: se mueven, pliegan y despliegan para adoptar numerosas formas", escribió Bowman. "Necesitamos estudiar no solo una forma de la proteína de pico viral, sino todas las formas en que la proteína se mueve y se pliega en formas alternativas para comprender mejor cómo interactúa con el receptor ACE2, para que se pueda diseñar un anticuerpo". 19659003] Existen estructuras de baja resolución de la proteína espiga del SARS, y las mutaciones entre el SARS y COVID-19 difieren, explicó.

"Dada esta información, estamos en una posición única para ayudar a modelar la estructura de la proteína espiga [COVID-19] e identificar sitios que pueden ser objetivo de un anticuerpo terapéutico ", escribió Bowman. "Podemos construir modelos computacionales que cumplan con este objetivo, pero se necesita mucha potencia informática".

Pain With Gain

El aumento en la membresía de Fold @ home ha enfatizado el proyecto, dijo Bowman.

"Nunca hemos experimentado este tipo de crecimiento rápido", comentó. "Tuvimos un exceso de capacidad del lado del servidor a mediados de febrero. Ahora estamos luchando para agregar capacidad".

Los servidores del proyecto contienen simulaciones esperando en una cola. Cuando la computadora de un miembro señala que tiene tiempo para hacer un trabajo, se le envían las condiciones de una simulación, se trabaja en ellas y luego se devuelven al servidor.

"En este momento, estamos agregando simulaciones tan rápido como podamos al servidores porque la gente sigue vaciando la cola, lo cual es increíble ", dijo Bowman.

" Es un gran problema tener ", agregó.

" Es difícil para mí concebir que hay potencia de cálculo que podemos ' No se aproveche ", continuó Bowman. "Solo tenemos que hacer que las simulaciones lleguen más rápido para las personas".

Dado que hay un tiempo de retraso entre la compra de nuevos servidores y la instalación de ellos, el proyecto está buscando un proveedor de la nube para satisfacer sus necesidades de servidores temporalmente, dijo. 19659003] "Lo bueno de que tanta gente intervenga", dijo Bowman, "es que en lugar de tener que elegir cuidadosamente qué proteínas buscamos, podemos establecer simulaciones de cada proteína para la que podemos obtener una estructura razonable de virus."


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